日本プロフェッショナル野球組織(にっぽんプロフェッショナルやきゅうそしき、にほんプロフェッショナルやきゅうそしき)は、かつて存在していた組織である。日本のプロ野球の内、セントラル・リーグおよびパシフィック・リーグを統括していた。日本プロフェッショナル野球協約第1条に基づき、セントラル野球連盟、パシフィック野球連盟、およびそれらに所属する球団によって構成されていた。また、同第8条に基づいてコミッショナーが組織を代表し、管理・統制していた。