日本における2009年新型インフルエンザの感染は、2009年5月9日に成田空港での検疫でカナダの交流事業から帰国した高校生ら3人において初めて確認された。 5月16日には国内で初めての感染が確認され、その後兵庫県や大阪府の高校生を中心に急速に感染が拡大した。 当初は感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律第6条第7項の「新型インフルエンザ等感染症」に分類され、感染者は強制入院の対象となっていたが、2009年6月19日に厚生労働省がこの方針を変更し、季節性インフルエンザとほぼ同等の扱いとなっている。また、同年7月24日からは感染者数の全数把握を中止し、クラスターサーベイランスに移行した。 2010年1月3日には、日本では203人が新型インフルエンザにより死亡としたと発表されている 。 これらの死者は、気管支喘息や糖尿病などの基礎疾患(持病)を持っている者が多かった。しかし、死因が新型インフルエンザと確定しきれない例なども含まれている。 H1N1亜型は猛威を振るうことはなく、大量に蓄えられたオセルタミビル(タミフル)は不発に終わった。