本項では、日本と東トルキスタンの関係(英語: East Turkestan-Japan relations、簡体字中国語: 日本-东突厥斯坦关系)について述べる。日本とウイグルの関係(英語: Japan-Uyghur relations、簡体字中国語: 日本-维吾尔关系)とも。