日本とインドネシアの関係（インドネシア語: Hubungan Indonesia dengan Jepang、英語: Indonesia–Japan relations）は、第二次世界大戦後、歴史的、経済的、政治的つながりは特に緊密なものに成長した。日本はインドネシアの最大輸出相手国であり、また、国際協力機構（JICA）を通じて、インドネシアへの開発援助の主要な供与国である。 日本にとって、インドネシアは液化天然ガスなどの天然資源の死活的に重要な供給国である。両国はともにG20とAPECの加盟国である。 今日、インドネシアで働く日本人は11000人にのぼる一方、日本では約24000人のインドネシア人が働いたり訓練を受けたりしている。 インドネシアは東京に大使館を、大阪に領事館を設置している。日本はジャカルタに大使館を、メダン、デンパサール、スラバヤに総領事館を、マカッサルに領事事務所を設けている。
