拒絶反応(きょぜつはんのう、拒否反応とも)とは、移植を行った後に起こる一連のである。 臓器移植が始まって以来最も問題となっていた部位であり、この反応を抑えるため事前に抗体免疫療法を行い、免疫をコントロールする案が移植の初期のころから考えられていた。 ES細胞、iPS細胞といった再生医療の発達によって将来、これらのマネジメントは大きく変わる可能性がある。