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性分化疾患（せいぶんかしっかん、英: disorders of sex development, DSDs）は「染色体、生殖腺、もしくは解剖学的に性の発達が先天的に非定型的である状態」を指す医学用語である。英語ではDSDと略されることが多い。 「性分化疾患」という単一の疾患があるわけではなく、アンドロゲン不応症や先天性副腎皮質過形成、卵精巣性性分化疾患、クラインフェルター症候群、ターナー症候群など、身体的性別に関する様々なレベルでの、約60種類以上の症候群・疾患群を包括する用語で、日本では以前までは「性分化異常症」「性発達障害」などと呼ばれていたものに当たる。 性分化疾患のなかでも、出生時（第一次性徴）における性別の判別が難しい状態を指して半陰陽（英: hermaphrodite）、インターセックス（英: intersex）という言葉もよく用いられていたが、名称と実態が合っていないこともあり現在ではあまり使用されなくなってきている（参照）。 この概念は、内外生殖器や性染色体など身体的性別にかかわる非典型的な特徴に関するもので、ジェンダー・アイデンティティ（性同一性・性自認）、性指向を指すものではない。また、生物学的性別は典型的な状態で、自身の身体の性別をはっきり認識しているものの、ジェンダー・アイデンティティと身体的性別とが一致しない状態「性同一性障害」(GID) とは異なる。