幹細胞治療（かんさいぼうちりょう、英: Stem-cell therapy）は、幹細胞を使用し、疾患を治療または予防することである。 幹細胞治療で、最も一般的なのは、骨髄移植であり、それには臍帯血を使う場合もある。様々な起源の幹細胞を生み出し、糖尿病、心臓病、神経変性疾患などに、幹細胞治療を適用する研究が進められている。 幹細胞治療の開発において胚性幹細胞（ES細胞）を単離して培養することや、体細胞核移植を用いて幹細胞を作製すること、およびiPS細胞を作製することが論議を呼んできた。この論争は、中絶に関しての扱いや、ヒトのクローンに関連することが多い。さらに、治療に用いる保存臍帯血の取引も物議をかもしてきた。
