市制特例(しせいとくれい)とは、市制のうち、東京市・京都市・大阪市の3つの市(三都、三市)に、1889年(明治22年)から1898年(明治31年)までの間、導入した特例。市制中東京市京都市大阪市ニ特例ヲ設クルノ件(しせいちゅうとうきょうしきょうとしおおさかしにとくれいをもうくるのけん、明治22年3月23日法律第12号)により定められた。