多系統群（たけいとうぐん）とは、生物の分類群のうち、異なる複数の進化的系統からなるものをいう。系統樹でいえば、複数の枝をまとめて1つの群としたものである。例としては、「原生動物」などがある。 それに対し、単一の系統全体（系統樹の1つの枝全体）からなる分類群を単系統群という。 進化論が出されて以後、多系統群は自然分類でないとして排除される傾向にある。かつては単系統群とされた群がそうでないと考えられるようになった場合、分類体系の見直しが行われるのが常である。それらが側系統であった場合、その分類群は認められ続ける可能性があるが、多系統と判断された場合、それらを別の群として分けるのが普通である。
