内在性レトロウイルス (ないざいせいレトロウイルス 英: Endogenous retrovirus, ERV) もしくは内因性レトロウイルス（ないいんせいレトロウイルス）とは、ウイルス以外の生物の生殖細胞のゲノムの中に存在する、ウイルスのゲノムによく似た塩基配列（内在性ウイルス様配列）のうち、レトロウイルスによく似た配列をいう。 過去にレトロウイルスに感染した生物のゲノムにレトロウイルスのゲノムが取り込まれ、それが子孫に受け継がれたものと考えられている。
