ヨーネ菌(ヨーネきん、Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis)とはマイコバクテリウム属に属する偏性病原性真正細菌の一亜種。ヨーネ菌はMap、M. paratuberculosis、M. avium sub. paratuberculosisとも表記される。はATCC 19698 (equivalent to CIP 103963 or DSM 44133)。