ユージーン・ヴィクトロヴィチ・クーニン(ロシア語: Евге́ний Ви́кторович Ку́нин、1956年10月26日 – )は、ロシア系アメリカ人生物学者。アメリカ国立生物工学情報センター上席研究員。進化生物学および計算生物学の第一人者である。