株式会社フラグシップ（FLAGSHIP Co., Ltd.）は、かつて存在したコンピューターゲーム開発会社。シナリオ制作を中心としたゲームソフトの企画・開発を行っていた。 1997年4月24日に、当時、株式会社カプコンに在籍していた岡本吉起によって設立された。カプコンの子会社で、当初は任天堂やセガなども出資していたが、後に資本を引き上げ、カプコンの完全子会社となった。 カプコンが手がける『バイオハザード』シリーズなどのほか、任天堂の『ゼルダの伝説』シリーズや『星のカービィ』シリーズなど、カプコン以外のタイトルにも携わっている。制作には、東映の特撮に関わった脚本家やデザイナーが多く関わっていた。 2007年6月1日に、カプコンに吸収合併される形で解散した。
