About: ドッキングのための配座空間の探索

分子モデリングの分野では、ドッキング (docking)とは、ある分子が他の分子に対して安定した複合体 (英語版) で結合したときに、優先的な配向を予測する方法である。タンパク質ドッキングの場合、探索空間はリガンドに対するタンパク質のすべての可能な配向で構成される。加えて、柔軟なドッキングでは、リガンドの可能なすべての立体配座と対になったタンパク質のすべての可能な立体配座を考慮する。 現在の計算機資源では、これらの探索空間を網羅的に探索することは不可能であり、その代わりに、最適な効率で探索空間をサンプリングしようとする多くの戦略がある。現在使用されているほとんどのドッキングプログラムは、柔軟性のあるリガンドを考慮しており、いくつかは柔軟性のあるタンパク質受容体をモデル化しようとしている。ペアの各スナップショットは「ポーズ」と呼ばれる。