ドイツ・ブンデスリーガ1998-1999は、サッカー・ブンデスリーガの第36回目のシーズンである。1998年8月14日から1999年5月29日まで開催された。バイエルン・ミュンヘンが2シーズンぶり通算15回目の優勝を果たした。