スカイ・アイランド（英：sky island）とは、周囲を大幅に異なる環境に囲まれて生態的に孤立した山地である。この用語はもともとアリゾナ州とニューメキシコ州の南側国境付近に広がるものを指したが、同じように孤立した高地の森林にも拡大して用いられるようになった。アメリカ南西部は約2万年前〜1万年前の間に気温が上昇し、広大な砂漠の形成によってスカイ・アイランドが孤立した。スカイ・アイランドで見られる自然現象として、固有種・・遺存種などがある。 スカイ・アイランドにおける種多様性の複雑な動態は生物地理学の興味を引き付け、またその生物多様性は保全生態学の関心領域でもある。スカイ・アイランドの本質的要素は他の山地からの物理的な隔絶であり、それが砂漠に囲まれた森林のような孤立した生息環境を生み出す。 孤立はこれら自然の生息環境において重大な意味を持つ。スカイ・アイランドは、最終氷期以来の気候の温暖化によって孤立した北方種の（待避地）として機能することがある。エクアドルのガラパゴス諸島のような海上の島と同様に、局在化した動植物が種分化に向かうような例もある。
