ジェフリー・イヴァン・ゴードン(Jeffrey Ivan Gordon, 1947年10月4日 - )は、アメリカ合衆国の微生物学者。セントルイス・ワシントン大学教授、ゲノムサイエンス&システム生物学センター所長。オーバリン大学で生物学の学位を取得後、シカゴ大学より医学博士号を取得。ゲノムシークエンシングによるヒト腸内細菌の分類法を開発し、その代謝基礎の定義や病態生理的意義を解明した。