コンビナトリアル生合成（コンビナトリアルせいごうせい、英: Combinatorial biosynthesis）は、様々な生化学的手法による天然物誘導体の生合成を指す。コンビナトリアル・バイオシンセシスとも言われる。天然物は創薬において非常に重要な位置を占めているが、その複雑な構造から意図した誘導体化は簡単ではない。そこで、天然物を生合成する微生物などのゲノムや遺伝子を改変することで、新たな“非天然”天然物を生成させる数々の手法が考案・実証されている。
