分子生物学やバイオインフォマティクスにおいて、コンセンサス配列 (consensus sequence) もしくはカノニカル配列 (canonical sequence) とは、シーケンスアラインメントの各位置における最も高頻度の残基（ヌクレオチドやアミノ酸など）が計算された配列である。関連のある配列が比較され、類似の配列モチーフについて多重配列アラインメントがなされた結果を表している。このような情報は、RNAポリメラーゼのような配列依存性の酵素について考慮する場合に重要である。
