ウェルナー・ギュンター(Werner Günthör、1961年6月1日 - )はスイスの陸上競技砲丸投選手である。 世界選手権では1987、1991、1993年と3連覇を果たし、1991年の世界室内陸上選手権と1986年のヨーロッパ選手権では優勝、1988年ソウルオリンピックでは銅メダルを獲得している。