アレン郡 (Allen County) は、アメリカ合衆国インディアナ州に位置する郡である。2000年現在、人口は331,849人。郡庁所在地はフォートウェイン市。この郡は米英戦争で戦死した弁護士、ケンタッキー州上院議員のジョン・アレン大佐にちなみ名付けられた。