Pax遺伝子(ぱっくすいでんし)とは一群の転写活性因子であり、特に動物の発生期に重要な働きを持つことがわかっている。ペアードドメインと呼ばれるDNA結合ドメイン構造を持つことからその名が付けられたが、分子によってはその他のドメインも有する。