CpGアイランドとは、シトシンの次にグアニンが現れるタイプの２塩基配列であるCpGサイトの出現頻度が、ゲノム中で他と比べ高い領域のことである。CpGの「p」の文字は、シトシンとグアニンの間のホスホジエステル結合を表している。哺乳類の遺伝子のうち40%近くが、プロモーター内部もしくはその近傍にCpGアイランドを含んでいるとされる。（ヒトの遺伝子のプロモーターでは約70％）。
