2009年のFIMスーパーストック1000カップは、F.I.M.が主催するの第11回目のシーズン。 FIMスーパーストック1000カップはスーパーバイク世界選手権と同日に開催されたが、ヨーロッパ外でのイベントは開催されず、全10戦でタイトルが争われた。 タイトルはドゥカティのザビエル・シメオンが5勝を挙げて獲得した。シメオンは優勝以外は2位という成績で圧倒的な強さを示した。2位のクラウディオ・コルティには57ポイント差を付け、マニファクチャラータイトルもドウカティが獲得した。