1988年-1989年のJSL(第24回日本サッカーリーグ1部および第17回日本サッカーリーグ2部)は、1部が1988年9月23日から1989年5月1日まで、2部が1988年9月15日から1989年4月29日まで行われた。 優勝は、1部が日産自動車サッカー部で2部が東芝サッカー部であった。