自衛隊函館地方協力本部（じえいたいはこだてちほうきょうりょくほんぶ、Hakodate Provincial Cooperation Office）は、北海道函館市広野町6番25号に所在する、自衛隊地方協力本部のひとつ。陸・海・空自衛隊共同の機関だが、通常は陸上自衛隊の北部方面総監の指揮監督下にある。管轄する地域における防衛省・自衛隊の総合窓口として渡島総合振興局、檜山振興局管内で活動する。
