水上警察署（すいじょうけいさつしょ）は、主に沿岸部を管轄する警察署である。日本では2013年4月現在、3警察署がある。 日本では明治期以降、外国航路を中心に貨物船が大型化し、大きな港湾では艀を使って沖合の貨物船で貨物の積み下ろしをし、陸上へ輸送する沖仲仕という港湾労働者が登場した。彼らの中には艀を自ら所有し、その一角に居住区を設けて家族と住み、港湾や河川で水上生活を送る者も大勢いた。そこで水上生活者のための学校や福祉施設が港湾都市に設けられるようになった。水上警察もこうした水上生活者の治安や、港湾や船舶にかかわる特殊な犯罪に対するために設けられた。管轄区域は、河川、河口、埋立地、沿岸付近である。なお、これらの場所については海上保安署も共管区域としている。
