代謝物質(Metabolite)は、代謝の過程の中間生産物及び最終生成物である。通常は小分子に限られる。一次代謝物質は、生物の成長、進化、生殖に直接関わるものである。例えばアルコールは、工業微生物的に大量生産される一次代謝物質である。二次代謝物質は、上記の過程には直接関わらないが、例えば抗生物質や色素等、重要な生態学的機能を持つ物質である。抗生物質の中には、一次代謝物質を前駆物質として用いるものもある。例えば、アクチノマイシンは一次代謝物質のトリプトファンから作られる。工業微生物学で生産される一次代謝物質の例には、次のようなものがある。メタボロームは、代謝物質の反応の大きなネットワークであり、ある酵素化学反応の生成物が別の化学反応に過程入る。
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